Początki sięgają 1518 roku
Na początku XVI wieku region Extremadury został poważnie doświadczony malarią i dżumą. Z tego też powodu w 1507 roku w Badajoz przestał istnieć Zakon Św. Klary. Przetrwało jednak pragnienie przywrócenia miastu obecności sióstr.
Nasz klasztor został założony przez M. Leonor Lasso de la Vega y Figueroa, córkę polityka Lorenzo Suárez de Figroa y Mendoza. M. Leonor służyła we wspólnocie jako matka przełożona przez 40 lat. Zmarła 17 kwietnia 1558 roku. Klasztor ten zatwierdzono w roku 1518 bullą papieża Leona X, a siostry ślubowały wypełnianie Ewangelii zgodnie z Regułą zatwierdzoną dla całego Zakonu Św. Klary przez Urbana IV.
27 stycznia 1970 roku, idąc za wskazaniami Soboru Watykańskiego II, nasze zgromadzenie ślubowało Regułę Św. Klary z 1253 r., zatwierdzoną przez papieża Innocentego IV.
W roku 1580 hiszpańska rodzina królewska, Filip II i Anna Austriaczka przebywają tymczasowo w pobliskim pałacu. Księżna Anna podczas tego pobytu staje się bliska wspólnocie. Umiera młodo w wieku 31 lat, będąc w 5-tym miesiącu ciąży. I na życzenie swojego męża zostaje pochowana w krypcie w chórze naszego klasztoru. W roku 1619 jej syn, król Filip III odwiedza jej grób.
Od roku 1617 w naszym kościele jest czczona figurka Matki Bożej de las Virtudes y Buen Suceso (od Cnót i Pomyślności), którą znaleziono w Madrycie podczas restaurowania kościoła hieronimitów. Figurka ta przypomina swym wyglądem Matkę Bożą z Monserrat, Matkę Bożą z Guadalupe i z Peña de Francia.
11 czerwca 1771 r. król Karol III wystawił klauzulę królewską, w której przyjmuje pod swą opiekę nasz klasztor, nadając mu tytuł Królewski klasztor św. Anny. Nad głównym wejściem umieszcza swój herb przyznając klasztorowi honory i przywileje, którymi miała w zwyczaju obdarowywać rodzina królewska.
W okresie wojny o niepodległość, w dniach 7-9 kwietnia 1812 roku, podczas okupacji napoleońskiej, siostry opuszczają klasztor i przenoszą się na 3 lata do Ojców Paulów, którzy posługiwali tej wspólnocie jako kapelani.
W czasie zamieszek politycznych w XIX w., dzięki piątemu artykułowi konkordatu, klasztor ten obronił się przed dezamortyzacją rozpoczętą w 1812 roku przez Las Cortes de Cádiz. Nie tylko został on nienaruszony, ale przyjął pod swój dach inne zgromadzenia i okoliczne wspólnoty, takie jak: III Zakon Franciszkański, Augustynianki Rekoletki, Klaryski Bose oraz inne siostry z naszej prowincji wygnane ze swych klasztorów. Niektóre z nich postanowiły dołączyć do naszej wspólnoty, tworząc jedno zgromadzenie i ślubując regułę 31 lipca 1857 roku.
Okres wojny domowej w latach 1936-1939. 2 sierpnia 1936 roku o godzinie 7 rano wspólnota przebywa w chórze, przygotowując się do rozpoczęcia Eucharystii. W tym momencie wkracza wojsko i rozkazuje siostrom natychmiast opuścić budynek. Nie było to dla nich zaskoczeniem, ponieważ były przygotowane na taką ewentualność. Najmłodsze siostry przebywały już poza klasztorem wraz z figurką Matki Bożej, którą ukrywały. Jeden z wojskowych okazuje się być człowiekiem, który wcześniej pracował w zakonie jako robotnik, z tego względu uszanował i pomógł wielu siostrom. Od dnia 2 sierpnia wspólnota żyła rozproszona pomiędzy przyjaciółmi, rodziną i dobroczyńcami. 21 dnia tego samego miesiąca siostry wróciły do klasztoru, rozpoczynając nowy etap w jego historii.
18 października 1975 roku do naszej wspólnoty dołącza dziesięć sióstr z miejscowości La Parra (przynależącej do miasta Badajoz) z klasztoru pod wezwaniem Nuestra Señora de los Dolores (Matki Bożej Bolesnej).
16 marca 1988 roku Wydział Dziedzictwa Kulturowego Rady ds. Edukacji i Kultury w Extremadurze zalicza nasz klasztor do zabytków i wpisuje go do Głownego Rejestru Interesu i Dóbr Kulturalnych.
Dnia 2 sierpnia 2007 do naszego Zgromadzenia przyłącza się dziesięć sióstr klarysek z zamykanego klasztoru w miejscowości Jerez de los Caballeros (Badajoz).